In letzter Zeit sind Korallenriffe von Ausbleichung betroffen wobei die symbiotischen Zooxanthellen ausbleichen und verloren gehen. In den Jahren 1979 und 1980 traten mehrere Fälle von Korallenausbleichung an den Riffen von Okiawa (Japan), um die Osterinsel, im Nordosten von Australien und im Karibischen Meer auf.. Großflächigere Ausbleichungen entstanden 1982 und 1983, betroffen waren Riffe vor Ostafrika, Indonesiens und vor der Westküste mittel- und Südamerikas. Noch verheerendere Ausbleichungen traten in einer dreijärigen periode von 1986 bis 1988 auf und betrafen Taiwan, Hawaii, die Fiji- Inseln, die Insel Mayotte und die gesamte Länge des großen Barrierriffs.
Als Ursache dieser weit verbreiteten Fälle von Korallenausbleichung kommen Umweltverschmutzung, globale Erwärmung und Ultraviolettstrahlung in Frage. Neuere Forschungsergebnisse zeigen, dass ungewöhnlich warmes Wasser der Grund sein könnte. Die Optimaltemperatur für das Korallenwachstum liegt zwischen 26 und 27°C. Man hat herausgefunden , dass Temperaturen über 29°C eine zu hohe Belastung für die Korallen darstellen : Die symbiotischen Zooxanthellen beschleunigen die photosyntetischen Vorgänge, wodurch im Korallengewebe hohe Konzentrationen von freien Radikalen entstehen, die als Toxine wirken. Die "gestressten" Korallenpolypen stoßen möglicherweise die Zooxanthellen ab, mit der Folge, dass die Koralle ihre Farbe verliert. Satellitenmessungen der National Oceanic and Atmospheric Administration (NOAA) ergaben, dass das Ausbleichen der Korallenriffe mit der Zunahme der Wassertemperaturen von Süden nach Norden einhergeht. In diesem Zusammenhang spielt auch das Phänomen El Nino für die Ausbleichung der Riffe eine große Rolle.
Ausgebleichte Korallen regenerieren sich nur sehr schwer, und es kann mehrere Jahre dauern , bevor ein Riff wieder die ursprüngliche Farbe hat. Mehrere aufeinanderfolgende Ausbleichungen können dazu führen, dass das Riff nie wieder in den ursprünglichen Zustand zurückkehrt. Schlimmste Folgeerscheinung ist, dass ohne die symbiotischen Zooxanthellen die Korallen nicht in der Lage sind, das Calciumcarbonatskelett zu bilden, das zur Entwicklung eines Korallenriffs unerlässlich ist. Nicht nur die Korallen, sondern alle im Riff lebenden Organismen verlieren möglicherweise bei Ausbleichungsvorgängen ihren Lebensraum, da die Calciumcarbonatstruktur des Riffs nach und nach abgetragen wird.
Einer im Sommer 1998 vom World Resources Institute (WRI) in Washington durchgeführten Studie zufolge sind nahezu 60 Prozent der Korallenriffe von menschlicher Aktivität bedroht. Besonders gefährdet sind die Korallenriffe in Südostasien, die Aufgrund ihrer Artenvielfalt zu den reichhaltigsten der Erde gehören. Dort sind Annährend 80 Prozent der Fischbestände bedroht. Hauptursachen dafür sind vor allem die Küstenentwicklung mit intensiver Bauaktivität und starkem Tourismus sowie Fischerei und Raubbau an den Korallen selbst. Auch in Nordamerika ist der Gefährdungsgrad sehr hoch; dies gilt insbesondere für die Korallenriffe vor Florida und Puerto Rico. Neben der Küstenentwicklung spielt die Einleitung von Abwässern in das Meer eine besonders zerstörerische Rolle. In der Kar
